南陽市審計局各內(nèi)設機構(gòu)的職責明確，協(xié)同工作，確保審計工作的順利進行。
一、辦公室負責處理機關(guān)的日常政務，包括文件起草、會議組織、宣傳信息等，并承擔審計局機關(guān)及下屬單位的財務監(jiān)督工作，同時協(xié)調(diào)特約審計員的相關(guān)工作。
二、法制科主要職責是制定審計工作方針和規(guī)章，研究財政經(jīng)濟法規(guī)，監(jiān)督審計業(yè)務質(zhì)量，審核審計報告，并處理審計行政復議和訴訟事務，同時開展審計普法教育。
三、財政金融審計科專注于市級預算執(zhí)行情況審計，審計地方稅務、國庫以及縣市區(qū)的預算管理，同時對相關(guān)金融機構(gòu)的資產(chǎn)和負債進行審計。
四、行政事業(yè)審計科則審計與財政有撥繳款關(guān)系的機關(guān)和社會團體的財務，以及市部門下屬單位的財務收支，涉及行業(yè)審計和專項資金審計。
五、經(jīng)貿(mào)審計科負責市部門及其下屬企業(yè)的財務審計，以及國有重點企業(yè)的監(jiān)督審計，同時組織內(nèi)部審計指導和專項審計調(diào)查。
六、農(nóng)業(yè)與資源環(huán)保審計科專注于農(nóng)業(yè)與資源環(huán)保部門的資金審計，以及縣市區(qū)相關(guān)資金的專項審計。
七、社會保障審計科則負責社?；鸷透＠Y金的審計，開展專項審計工作。
八、固定資產(chǎn)投資審計科對重點建設項目進行預（概）算和決算審計，監(jiān)督市直單位的建設項目。
九、外資運用審計科專門審計國際貸款項目，負責中外合資企業(yè)的審計，并開展專項審計調(diào)查。
十、人事科（紀檢組）主要從事人事管理、機構(gòu)編制、教育培訓以及黨風廉政建設和違紀案件查處等工作。
南陽市財政局和南陽市民政局的機構(gòu)設置也各具特色。南陽市財政局的各部門各司其職，從金融貿(mào)易到預算、國庫、行政政法、農(nóng)業(yè)、農(nóng)村綜合改革、會計、債務、國資等多個領域都有精細的劃分。而南陽市民政局的機構(gòu)設置則主要涉及社會事務的管理和服務，包括辦公室、人事科等各部門。
財務規(guī)劃與管理部：負責民政事業(yè)及行政經(jīng)費的監(jiān)管，統(tǒng)籌基建、物資及技術(shù)改造計劃，管理資產(chǎn)，擬定并執(zhí)行財務規(guī)章制度，實施審計監(jiān)督以及民政統(tǒng)計工作。
機關(guān)黨委事務部：承擔局機關(guān)及其直屬單位的黨群工作，專注于黨的建設以及各類群團活動的開展。
基層政權(quán)與社區(qū)建設科：調(diào)研基層政權(quán)構(gòu)建情況，組織優(yōu)秀鄉(xiāng)鎮(zhèn)和村委會評選，培訓鄉(xiāng)鎮(zhèn)長及村主任，指導社區(qū)服務和組織建設，并監(jiān)督地名管理工作。
地理區(qū)劃與地名科：制定地名管理文件，研究地理行政區(qū)劃，負責區(qū)域調(diào)整及地名管理工作，確保法規(guī)執(zhí)行，參與全國地名標準化進程。
民間組織管理署：制定社團相關(guān)法規(guī)，審批、登記并監(jiān)管全市性及跨區(qū)域社團，查處社團及民辦非企業(yè)單位的違規(guī)行為。
社會福利與社會事務部：制定婚姻、兒童收養(yǎng)、殯葬等政策規(guī)定，指導登記工作，推動殯葬改革，協(xié)助社會福利機構(gòu)和殘疾人特教康復工作。
福利生產(chǎn)指導辦公室：負責殘疾人就業(yè)及技術(shù)改造工作的指導。
*事務科：承擔機關(guān)*的管理服務工作。
信訪接待部：處理群眾來信來訪，收集建議和問題，綜合分析信息，協(xié)調(diào)解決重大問題，并指導全系統(tǒng)的信訪工作。
紀律檢查與監(jiān)察室：負責查處違紀違法案件，協(xié)助黨風廉政建設，受理舉報和申訴。
優(yōu)待撫恤部：負責擁軍優(yōu)屬、撫恤優(yōu)待工作，管理烈士紀念設施，并指導雙擁活動。
軍隊離退休干部安置署：接收并安置軍隊離退休干部，指導相關(guān)休養(yǎng)所的管理工作。
退役軍人安置科：負責退役士兵和軍隊復員干部的安置工作，制定相關(guān)接收安置政策和管理措施。
救災與救濟科：制定救災政策，管理救災款物，指導生產(chǎn)自救和社會救濟活動。
低保管理中心（部）：實施城鄉(xiāng)*生活保障制度，指導農(nóng)村五保供養(yǎng)和敬老院工作，并組織開展醫(yī)療救助。
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